Unissons tous les ordinateurs belges contre le coronavirus

La page de l’équipe « Belgium against diseases »

Ceci n’est pas un article comme vous avez l’habitude d’en lire avec une introduction, un début, une histoire et une fin. C’est un appel à l’aide auquel vous pouvez contribuer concrètement avec votre ordinateur.

Folding@home est un projet géré par les universités de Stanford et de Washington qui utilise le principe du calcul distribué sur un grand nombre d’ordinateurs pour multiplier la quantité de simulation de calculs.

Nos ordinateurs personnels sont surpuissants par rapport à ce que nous leur demandons (la plupart de nos utilisations ne mobilisent que 10% des capacités de calcul de nos ordinateurs). Cette puissance peut être utilisée pour d’autres calculs. L’ensemble des ordinateurs connectés,  soit près d’un million de PC, égalent déjà 10 fois les résultats du super calculateur IBM Summit.

COMMENT ÇA MARCHE ?

Pendant plus d’une vingtaine d’années, le projet  « seti@home » a été utilisé pour calculer, décoder les ondes électromagnétiques en provenance de l’espace, dans l’espoir d’y discerner un message intelligible, sans, malheureusement détecter de modèle interprétable. Aujourd’hui ce type d’infrastructure technologique est mise au service d’un autre but, celui de la recherche de remèdes à certaines grandes maladies comme  Alzeihmer, Parkinson, Huntigton ou le cancer.

Les circonstances actuelles ont étendu le domaine de la recherche au coronavirus et à son mode de fonctionnement.

Folding@home, cela veut dire « plier à la maison ».  Le pliage fait référence à la façon dont les protéines humaines se plient dans les cellules qui composent notre corps. Nous dépendons de ces protéines pour nous maintenir en bonne santé et elles s’assemblent par pliage. Mais lorsqu’elles se plient mal, il peut y avoir de graves conséquences sur notre santé.

Folding@home est maintenant basé à l’université de Washington, à la faculté de médecine de St. Louis, sous la direction du Dr Greg Bowman (voir la vidéo). Les docteurs John Chodera (MSKCC) et Vince Voelz (Temple University) participent également activement à la gestion du projet. Ensemble, leurs trois laboratoires sont les principaux moteurs du projet Folding@home.

Le projet Folding@home (FAH) est consacré à la compréhension du repliement des protéines, des maladies qui résultent du mauvais repliement et de l’agrégation des protéines, et des nouvelles méthodes de calcul pour développer de nouveaux médicaments en général. Un projet de calcul distribué ne doit pas seulement effectuer des calculs sur des millions de PC, mais de tels projets doivent produire des résultats, notamment sous la forme de publications évaluées par des pairs, de conférences publiques et d’autres moyens de diffuser les résultats à l’ensemble de la communauté scientifique. Cette méthode a déjà donné d’excellents résultats, notamment dans l’analyse du virus Ebola.

COMMENT CONTRIBUER ?

Il faut installer sur votre ordinateur, PC ou Mac, une application téléchargeable sur le site de folding@home pour commencer à simuler des calculs sur les protéines. Le logiciel est disponible pour Mac, Windows et Linux (https://foldingathome.org/start-folding/). Une fois le client FAH (folding@home) installé, il suffit de le laisser pour tourner pour calculer et renvoyer les résultats au serveur central.

Tout cela peut paraître très compliqué, mais la force de Folding@home est que vous pouvez mettre les capacités de calcul de votre ordinateur au service de ce projet. C’est très satisfaisant par rapport à la sensation d’impuissance que nous éprouvons tous par rapport à la situation de cette pandémie. Tout ce que nous pouvons faire c’est, « stay at home » et respecter des règles hygiéniques. Mais en plus nous pouvons faire tourner tous nos ordinateurs, même un vieux PC inutilisé peut faire l’affaire, pour accélérer les calculs qui permettront aux scientifiques de mieux comprendre ce satané virus.

Cet article a été réalisé après deux semaines de contribution au projet folding@home en utilisant trois machines courantes :  un Macbook Air  Early 2015; un Macbook Pro  Mid 2012 et un PC Asus  core i7; Ces trois machines ont déjà réalisé un score de plus de 110.000 points. Les ordinateurs Windows équipés d’une carte graphique AMD ou Geforce peuvent mener un double calcul en parallèle grâce au processeur de leur carte graphique.

Dans la configuration, il est important de sélectionner l’option « Any disease » pour contribuer majoritairement aux calculs relatifs au coronavirus.

Une équipe « Belgium against diseases » a été créée : elle fédère tous nos calculs pour visualiser nos efforts communs. Une fois inscrit et lorsque vous aurez commencé à calculer, n’hésitez pas à rejoindre ce « team » Belgium against diseases (code de l’équipe : 261346)

Olivier Goyens

Pour en savoir plus sur le projet :


De l’analyse des protéines au médicament

Les protéines sont des machines moléculaires qui remplissent de nombreuses fonctions que nous associons à la vie. Elles perçoivent l’environnement (par exemple, le goût et l’odeur), effectuent un travail (par exemple, la contraction des muscles et la décomposition des aliments) et jouent des rôles structurels (par exemple, pour les cheveux). Elles sont constituées d’une chaîne linéaire de substances chimiques appelées acides aminés qui, dans de nombreux cas, se « plient » spontanément en structures compactes et fonctionnelles. Comme pour toute autre machine, c’est la façon dont les composants d’une protéine sont disposés et se déplacent qui détermine la fonction de la protéine. 
Les virus ont également des protéines qu’ils utilisent pour supprimer notre système immunitaire et se reproduire.
Pour aider à lutter contre les coronavirus, il faut comprendre comment ces protéines virales fonctionnent et comment nous pouvons concevoir des thérapies pour les arrêter.
Il existe de nombreuses méthodes expérimentales pour déterminer les structures des protéines. Bien qu’elles soient extrêmement puissantes, elles ne révèlent qu’une seule image de la forme habituelle d’une protéine. Mais les protéines ont beaucoup de parties mobiles, donc le but est de voir la protéine en action. Les structures que nous ne pouvons pas voir expérimentalement peuvent être ici la clé de la découverte d’une nouvelle thérapie.

Engrenages à chevron

EngrenagesLes engrenages à chevrons développés en France par André Citroën dans les années 20, sont à l’origine du logo de la marque automobile. Ces engrenages ont l’avantage de transmettre plus de puissance par un contact prolongé entre les dents et de fonctionner plus silencieusement.

Quelques infos sur Wikipédia.