Unissons tous les ordinateurs belges contre le coronavirus

La page de l’équipe « Belgium against diseases »

Ceci n’est pas un article comme vous avez l’habitude d’en lire avec une introduction, un début, une histoire et une fin. C’est un appel à l’aide auquel vous pouvez contribuer concrètement avec votre ordinateur.

Folding@home est un projet géré par les universités de Stanford et de Washington qui utilise le principe du calcul distribué sur un grand nombre d’ordinateurs pour multiplier la quantité de simulation de calculs.

Nos ordinateurs personnels sont surpuissants par rapport à ce que nous leur demandons (la plupart de nos utilisations ne mobilisent que 10% des capacités de calcul de nos ordinateurs). Cette puissance peut être utilisée pour d’autres calculs. L’ensemble des ordinateurs connectés,  soit près d’un million de PC, égalent déjà 10 fois les résultats du super calculateur IBM Summit.

COMMENT ÇA MARCHE ?

Pendant plus d’une vingtaine d’années, le projet  « seti@home » a été utilisé pour calculer, décoder les ondes électromagnétiques en provenance de l’espace, dans l’espoir d’y discerner un message intelligible, sans, malheureusement détecter de modèle interprétable. Aujourd’hui ce type d’infrastructure technologique est mise au service d’un autre but, celui de la recherche de remèdes à certaines grandes maladies comme  Alzeihmer, Parkinson, Huntigton ou le cancer.

Les circonstances actuelles ont étendu le domaine de la recherche au coronavirus et à son mode de fonctionnement.

Folding@home, cela veut dire « plier à la maison ».  Le pliage fait référence à la façon dont les protéines humaines se plient dans les cellules qui composent notre corps. Nous dépendons de ces protéines pour nous maintenir en bonne santé et elles s’assemblent par pliage. Mais lorsqu’elles se plient mal, il peut y avoir de graves conséquences sur notre santé.

Folding@home est maintenant basé à l’université de Washington, à la faculté de médecine de St. Louis, sous la direction du Dr Greg Bowman (voir la vidéo). Les docteurs John Chodera (MSKCC) et Vince Voelz (Temple University) participent également activement à la gestion du projet. Ensemble, leurs trois laboratoires sont les principaux moteurs du projet Folding@home.

Le projet Folding@home (FAH) est consacré à la compréhension du repliement des protéines, des maladies qui résultent du mauvais repliement et de l’agrégation des protéines, et des nouvelles méthodes de calcul pour développer de nouveaux médicaments en général. Un projet de calcul distribué ne doit pas seulement effectuer des calculs sur des millions de PC, mais de tels projets doivent produire des résultats, notamment sous la forme de publications évaluées par des pairs, de conférences publiques et d’autres moyens de diffuser les résultats à l’ensemble de la communauté scientifique. Cette méthode a déjà donné d’excellents résultats, notamment dans l’analyse du virus Ebola.

COMMENT CONTRIBUER ?

Il faut installer sur votre ordinateur, PC ou Mac, une application téléchargeable sur le site de folding@home pour commencer à simuler des calculs sur les protéines. Le logiciel est disponible pour Mac, Windows et Linux (https://foldingathome.org/start-folding/). Une fois le client FAH (folding@home) installé, il suffit de le laisser pour tourner pour calculer et renvoyer les résultats au serveur central.

Tout cela peut paraître très compliqué, mais la force de Folding@home est que vous pouvez mettre les capacités de calcul de votre ordinateur au service de ce projet. C’est très satisfaisant par rapport à la sensation d’impuissance que nous éprouvons tous par rapport à la situation de cette pandémie. Tout ce que nous pouvons faire c’est, « stay at home » et respecter des règles hygiéniques. Mais en plus nous pouvons faire tourner tous nos ordinateurs, même un vieux PC inutilisé peut faire l’affaire, pour accélérer les calculs qui permettront aux scientifiques de mieux comprendre ce satané virus.

Cet article a été réalisé après deux semaines de contribution au projet folding@home en utilisant trois machines courantes :  un Macbook Air  Early 2015; un Macbook Pro  Mid 2012 et un PC Asus  core i7; Ces trois machines ont déjà réalisé un score de plus de 110.000 points. Les ordinateurs Windows équipés d’une carte graphique AMD ou Geforce peuvent mener un double calcul en parallèle grâce au processeur de leur carte graphique.

Dans la configuration, il est important de sélectionner l’option « Any disease » pour contribuer majoritairement aux calculs relatifs au coronavirus.

Une équipe « Belgium against diseases » a été créée : elle fédère tous nos calculs pour visualiser nos efforts communs. Une fois inscrit et lorsque vous aurez commencé à calculer, n’hésitez pas à rejoindre ce « team » Belgium against diseases (code de l’équipe : 261346)

Olivier Goyens

Pour en savoir plus sur le projet :


De l’analyse des protéines au médicament

Les protéines sont des machines moléculaires qui remplissent de nombreuses fonctions que nous associons à la vie. Elles perçoivent l’environnement (par exemple, le goût et l’odeur), effectuent un travail (par exemple, la contraction des muscles et la décomposition des aliments) et jouent des rôles structurels (par exemple, pour les cheveux). Elles sont constituées d’une chaîne linéaire de substances chimiques appelées acides aminés qui, dans de nombreux cas, se « plient » spontanément en structures compactes et fonctionnelles. Comme pour toute autre machine, c’est la façon dont les composants d’une protéine sont disposés et se déplacent qui détermine la fonction de la protéine. 
Les virus ont également des protéines qu’ils utilisent pour supprimer notre système immunitaire et se reproduire.
Pour aider à lutter contre les coronavirus, il faut comprendre comment ces protéines virales fonctionnent et comment nous pouvons concevoir des thérapies pour les arrêter.
Il existe de nombreuses méthodes expérimentales pour déterminer les structures des protéines. Bien qu’elles soient extrêmement puissantes, elles ne révèlent qu’une seule image de la forme habituelle d’une protéine. Mais les protéines ont beaucoup de parties mobiles, donc le but est de voir la protéine en action. Les structures que nous ne pouvons pas voir expérimentalement peuvent être ici la clé de la découverte d’une nouvelle thérapie.

Jacques Emond

Jacques Emond - Taverne Prince Baudouin, Namur - 2 septembre 2016
Jacques Emond – Taverne Prince Baudouin, Namur – 2 septembre 2016. Photo PVC.

Comment évoquer Jacques Emond ? Il y a une dizaine d’années, Patrick me l’a présenté lors d’un traditionnel déjeuner chez Panaiotis et Eva. C’était un mardi. Important, le mardi, car depuis, quasi invariablement, un mardi sur deux nous nous sommes retrouvés autour d’un plat du jour, toujours trop copieux pour son appétit de moineau.

Bougon, gueulard, péremptoire sont autant d’adjectifs qui viennent à l’esprit pour caractériser le sien. Autant d’excès de langage qui n’avaient d’égal que se capacité d’écoute, son humanité et sa générosité.

La conversation était toujours équilibrée entre ses aventures de la semaine, les nouvelles demandées de nos familles et la revue de l’actualité, le plus souvent économique et financière. Et la connaissance de l’Histoire aussi qui avait le don de gommer les vingt printemps qui nous séparaient.

Ce grand intellectuel -avant tout un homme de chiffres qui avait inventé le data journalisme avant tout le monde- savait se faire tout petit et écouter les conseils quand il s’agissait d’une question technique. Combien de fois ne l’avons nous pas aidé pour un problème domestique, de son GSM à l’éclairage en passant par la configuration d’un ordinateur ou la rénovation d’un appartement.
Il était en effet devenu adepte des allées du Brico, à l’occasion de la rénovation de son appartement bruxellois : nettoyage, peinture, démontage de la cuisine, il fut impressionnant d’efficacité.

A Narbonne aussi, il exerça ses talents de bricoleur dans la restauration d’une vieille maison. Il créa là une nouvelle trinité composée du Canal de la Roubine, du café Central et des Halles où il sifflait volontiers un plateau d’huitres accompagné d’une bouteille de Picpoul de Pinet.

Généreux, il le fut de manière flamboyante lorsqu’il me prêta gracieusement cette retraite narbonnaise, le temps d’une semaine de vacances familiales. Chaque étage de cette étroite maison du centre historique de Narbonne était équipé d’un mini-frigo garni d’une petite bouteille de champagne. Jacques n’aimait pas avoir soif et veillait à ce que ses hôtes soient épargnés par cette malédiction.

Mon papa, un autre Jacques, qui l’a rencontré à Narbonne alors qu’il cherchait à cerner la sociologie narbonnaise pour s’y établir lui aussi est tombé immédiatement sous le charme :
« Pittoresque, le garçon. En effet, il n’est pas contre un verre, ni même contre deux. Mais, pour ce qui est de nous renseigner sur les quartiers de Narbonne, son univers se limite à une aire restreinte où il y a la plus forte concentration de bistrots et de restaurants. Mais ce n’est pas grave, nous avons bien progressé dans l’exploration de la ville et nous sommes ravis d’avoir fait sa connaissance. »

Aujourd’hui, il est parti et j’ai l’impression de le connaître depuis toujours. Sa maladie le mit de fort méchante humeur les dernières semaines qu’il partagea avec nous. Ses traits de caractères puissants étaient devenus une caricature de lui-même, comme l’expression d’une souffrance infinie.

Qu’aurait-il pensé de cette évocation si partielle? Il l’aurait sans doute ponctuée d’un tonitruant : « Mais noooon mon vieux, tu n’as pas étudié le dossiéé, tu n’y connais rien ! »


On lira aussi le bel hommage de Béatrice Delvaux paru dans Le Soir du samedi 17 septembre 2016.

Perfection moderniste

La villa Cavrois à Roubaix, construite par Robert Mallet-Stevens pour l’industriel Paul Cavrois en 1934 est une œuvre moderniste, totale et fascinante. L’histoire de ce paquebot est elle aussi captivante et pleine de rebondissements. http://www.villa-cavrois.fr

Photo Camille Goyens
Photo Camille Goyens

25 ANS !

tandy
Vingt-cinq ans dans les murs de La Libre Belgique et de la Dernière Heure ! Rédacteur au marbre, l’outil est ici un petit Tandy 102 avec un écran de quelques lignes, un modem 300 bauds, et des connexions sérielles qui pendaient du plafond un peu partout dans la rédaction. De la photocomposition à l’édition numérique sur tablettes en passant par la mise en page électronique, les premiers sites web, la gestion de contenus et la syndication intégrées au système éditorial, je ne regrette pas le voyage.

Engrenages à chevron

EngrenagesLes engrenages à chevrons développés en France par André Citroën dans les années 20, sont à l’origine du logo de la marque automobile. Ces engrenages ont l’avantage de transmettre plus de puissance par un contact prolongé entre les dents et de fonctionner plus silencieusement.

Quelques infos sur Wikipédia.